设备升级问题
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截至2011年1月10日，广州各地的车票受理点依然有很多没有接到销售实名制车票的通知，部分检票人员也称没有收到要求同时查看旅客的车票和身份证件的相关文件。而实名制可以提前10天购票，故有人担心广州超过200个车票受理点的系统升级是否来得及[16]。
广州站每年购票排队在高峰期能排到环市路与解放路交接的路口，长达500多米，春运期间广州车站人流量更大，有人质疑车站人手不足，试点为何不选在非春运期间，客流量小，车站“人手”充裕，试点的效果可能会更好。同时实名制必然会延长购票时间，如何缓解购票人流也是一个问题。
实名制需要的有效证件种类太多，特别是“外交官证”、“海员证”等不常见的证件，如何有效辨别真假也是问题。
关于学生购票的问题，按照规定要求“1.5米以上16岁以下没有办理身份证的未成年人可凭户口簿、户口所在地公安机关出具的户籍证明信或学生证购票。”16岁以上、未办理身份证的学生急于出门该如何处理因此成为问题[17]。
实用性争议
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2011年7月23日发生的温州动车追尾事故，由于铁道部一直无法拿出一份完整的乘客名单，另外有媒体报道车票查询不包含身份证信息核对，实名制被认为流于表面。[18]
假名购票
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2014年1月10日，一位网友为验证身份信息认证漏洞，使用东方Project的两个角色名加自己的真实身份证号在12306网上订票成功购得两张福州至福州南往返动车票，并成功人工取票，并在微博上直播了成功入闸，乘车与车务验票，出闸。[19]原因是订票系统未与公安的公民身份信息系统联网，只校验身份证号是否符合格式，不检查身份证号与相应信息的真实匹配。也有报道称部分黄牛利用这个缺陷，利用自动生成的符合格式的假身份证号进行抢票并囤积票源。[20]之后铁道部官方网站12306修改系统并与公安部门的身份信息系统实现联网，虚假姓名或证件号码将无法通过验证。
自助售票机英文界面争议
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设于广州东站内的广深动车组列车专用售、取票机，是中国铁路系统内较早开始支持使用护照、港澳居民来往内地通行证的实名制售票机
自2011年6月1日中国大陆动车组列车全面实行实名制售票后，火车站内自动售票机为符合实名制规定，在大部分自助售票机上设置了身份证的扫描设备，只有对购票人的身份证进行识别后才能购买火车票。在2012年1月28日，网友“假装在纽约”在微博中上传了一张地理位置社交网站Foursquare的截图，图中一名自称来自俄罗斯的网友在北京南站表示：“既然只有持中国身份证才能在自动售票机上买票，那他们弄一个英文的界面干什么呢？”而在实名制售票实施前，外籍旅客无需出示身份证即可在设有英文界面的自动售票机上购票；而目前也只有部分车站安置了可以读取护照、港澳居民来往内地通行证的自助售票机[21]。在浙江工商大学工作的法国籍法语教师皮埃尔也表示，既然设置了英文界面，就应该考虑到外国人的买票需求。也有网友建议，可以在给外国人签发的中国签证中加入智能芯片，在使用自动售票机时直接读取中国签证即可解决问题[22]。
2014年8月6日，《新京报》发表评论《老外用不了，自动售票机整英文干啥》，评论称有网民对此争议调侃：“方便国人在买票同时练英语，良苦用心懂不懂？[23]。”
运营理念倒退
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上海铁路局部分车站商店的承包商华铁商贸有限公司在其官网发表文章指“2011年在中国‘高铁之殇’后，客站建设和运营理念从‘服务旅客’又回归到了传统车站的‘管理旅客’模式”。2008年建成的北京南站使得使用者无需持有车票，就可以通过安检进入站内，乘车、送站、购物等，对于传统车站是一场革命。但是实行进站口全面实名制查验后，送站者无法进入候车大厅，使得候车室商铺的人流量减少；甚至部分在商店内工作的员工为了进入查验区内的商店，不得不以购买短途车票的方式才得以进站。该文章认为，高铁车站如果实现开放式管理，其商店年营业额至少增长15%以上。[24]
最低换乘时间限制
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2018年9月21日，中国铁路总公司在无事先通知的情况下突然开始实施最低换乘时间限制：乘客所购买的两张车票需间隔40分钟以上，否则出票失败[25]。由于正临中秋假期，再加上并无事先通知，有乘客对此新规表示不满并表示此举已严重影响出行[26]。《现代快报》认为此举使得部分车站设有的中转换乘通道形同虚设，12306于当晚22时左右将大部分车站的换乘时间最低限制由原先的40分钟改为10分钟，但部分车站似乎仍然有40分钟甚至45分钟的间隔限制[27]。9月22日，中国铁路总公司将同站换乘车票的限制间隔改为10分钟以上，不同车站换乘的两张车票间隔需在40分钟以上[28][29][30]。